| Genetic Diversity of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Enteritidis from Human and Non-Human Sources in Portugal. |
2024 |
Leão, C.; Silveira, L.; Usié, A.; Gião, J.; Clemente, L.; Themudo, P.; Amaro, A.; Pista, A. |
Article d'investigació |
| Genome-wide association study identifies genetic variants underlying footrot in Portuguese Merino sheep. |
2024 |
Gaspar, D.; Ginja, C.; Carolino, N.; Leão, C.; Monteiro, H.; Tábuas, L.; Branco, S.; Padre, L.; Caetano, P.; Romão, R.; Matos, C.; Ramos, A.M.; Bettencourt, E.; Usié, A. |
Article d'investigació |
| Hybrid assembly and comparative genomics unveil insights into the evolution and biology of the red‑legged partridge |
2024 |
Eleiwa, Abderrahmane; Nadal, Jesus; Vilaprinyo, Ester; Marin Sanguino, Alberto; Sorribas, Albert; Basallo, Oriol; Lucido, Abel; Richart, Cristobal; Pena, Ramona N.; Ros Freixedes, Roger; Usie, Anabel; |
Article d'investigació |
| Genome-wide assessment of the population structure and genetic diversity of four Portuguese native sheep breeds |
2023 |
Gaspar, D.; Usié, A.; Leão, C.; Guimarães, S.; Pires, A.E.; Matos, C.; Ramos, A.M.; Ginja, C. |
Article d'investigació |
| An improved reference genome and first organelle genomes of Quercus suber |
2023 |
Usié, A.; Serra, O.; Barros, P.M; Barbosa, P.; Leão, C.; Capote, T.; Almeida, T.; Rodrigues, L.; Carrasquinho, I.; Guimarães, J.B.; Mendoça, D.; Nóbrega, F.; Egas, C.; Chaves, I.; Abreu, I.A.; Saibo, |
Article d'investigació |
| A metagenomics approach to characterize the footrot microbiome in Merino sheep |
2023 |
Usié, A.; Leão, C.; Gaspar, D.; Monteiro, H.; Tábuas, L.; Bettencourt, E.; Caetano, P.; Padre, L.; Carolino, N.; Ramos, A.M.; de Matos, C.; Branco, S. |
Article d'investigació |
| Ovine footrot in Southern Portugal: detection of Dichelobacter nodosus and Fusobacterium necrophorum in sheep with different lesion scores |
2022 |
Albuquerque, Catarina; Cavaco, Sandra; Caetano, Pedro; Branco, Sandra; Monteiro, Helena; Ramos, Marcos; Usié Chimenos, Anabel; Leão, Célia; Botelho, Ana. |
Article d'investigació |
| Quercus suber transcriptome analyses: identification of genes and SNPs related to cork quality |
2022 |
Mendes, B.; Usié, A.; Capote, T.; Meireles, B.; Almeida, T.; Marum, L.; Gonçalves, S.; Ramos, A.M. |
Article d'investigació |
| Programa de Potenciação de Transferência de Conhecimento e Tecnologia do CEBAL: Uma estratégia promotora de Inovação, Sustentabilidade e Competitividade no Alentejo |
2022 |
Usié, A.; Guerreiro, O.; Fernandes, M.C.; Martins, R.; Marum, L.; Jerónimo, E.; Duarte, M.F. |
Article en premsa |
| Laser Microdissection of Woody and Suberized Plant Tissues for RNA-Seq Analysis. |
2022 |
Pires, R. C.; Ferro, A.; Capote, T.; Usié, A.; Correia, B.; Pinto, G.; Menéndez, E.; Marum, L. |
Article d'investigació |
| Inclusion of the aerial part and condensed tannin extract from Cistus ladanifer L. in lamb diets-Effects on rumen microbial community and fatty acid profile |
2022 |
Guerreiro, O.; Francisco, A.E.; Alves, S.P.; Soldado, D.; Cachucho, L.; Chimenos, A.U.; Santos Silva, J.; Bessa, R.J.B; Jerónimo, E. |
Article d'investigació |
| Kinship Analysis and Pedigree Reconstruction of a Natural Regenerated Cork Oak (Quercus suber) Population |
2022 |
Mendes, B.; Sampaio, T.; Antunes, M. A.; Magalhães, H.; Costa e Silva, F.; Borges, C.; Simões, F.; Usié, A.; Almeida M.H.; Ramos, A.M. |
Article d'investigació |
| Transcriptome Characterization of Different Tissues of Stone Pine (Pinus pinea L.): De Novo Assembly |
2021 |
Usié, A.; Mendes, B.; Antunes, M.; Leão, C.; Marum, L.; Ramos, A.M. |
Article d'investigació |
| The Crown Pearl: a draft genome assembly of the European freshwater pearl mussel Margaritifera margaritifera (Linnaeus, 1758) |
2021 |
Gomes dos Santos, A.; Lopes Lima, M.; Machado, A.M.; Ramos, A.M.; Usié, A.; Bolotov, I.N.; Vikhrev, I.V.; Breton, S.; Castro, L.F.C.; Fonseca, R.R.; Geist, J.; Österling, M.E.; Prié, V.; Teixeira, A.; |
Article d'investigació |
| Comparative Transcriptomic Response of Two Pinus Species to Infection with the Pine Wood Nematode Bursaphelenchus xylophilus |
2020 |
Gaspar, D.; Trindade, C.; Usié, A.; Meireles, B.; Fortes, M.; Guimarães, J.; Simões, F.; Costa, R.; Ramos, AM. |
Article d'investigació |
| Transcriptome dynamics of cork oak (Quercus suber) somatic embryogenesis reveals active gene players in transcriptome regulation and phytohormone homeostasis of embryo development |
2019 |
Capote, T.; Usié, A.; Barbosa P.; Ramos, A.M.; Morais-Cecílio, L.; Gonçalves, S |
Article d'investigació |
| Chip-Seq reveals that QsMYB1 directly targets genes involved in ligning and subering biosynthesis pathways in cork oak (Quercus suber) |
2018 |
Capote, T.; Barbosa, P.; Usié, A.; Ramos, A.M.; Inácio, V.; Ordás, R.; Gonçalves, S. ; Morais-Cecílio, L. |
Article d'investigació |
| Characterization of the cork formation and production transcriptome in Quercus cerris × suber hybrids |
2018 |
Meireles, B.; Usié, A.; Barbosa, P.; Fortes, A.M.; Folgado, A.; Chaves, I.; Carrasquinho, I.; Costa, R.L.; Gonçalves, S.; Teixeira, R.T.; Ramos, A.M.; Nóbrega, F. |
Article d'investigació |
| The draft genome sequence of cork oak |
2018 |
Ramos , A.M.; Usié, A.; Barbosa, P.; Barros, P.M.; Capote, T.; Chaves, I.; Simões, F.; Abreu, I.; Carrasquinho, I.; Faro, C.; Guimarães, J.B.; Mendonça, D.; Nóbrega, F.; Rodrigues, L.; Saibo, N.; Vare |
Article d'investigació |
| Comprehensive Analysis of the Cork Oak (Quercus suber) Transcriptome Involved in the Regulation of Bud Sprouting |
2017 |
Usié, A.; Simões, F.; Barbosa, P.; Meireles, B.; Chaves, I.; Gonçalves, S.; Folgado, A.; Almeida, M.H.; Matos, J.; Ramos, A.M. |
Article d'investigació |
| Draft Genome Sequence of a Rare Pigmented Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis Type C Strain |
2017 |
Barbosa, P.; Leão, C.; Usié, A.; Amaro, A.; Botelho, A.; Pinto, C.; Inácio, J.; Stevenson, K.; Ramos, A.M. |
Article d'investigació |
| Expression Profiling in Pinus Pinaster in Response to Infection with the Pine Wood Nematode Bursaphelenchus xylophilus |
2017 |
D. Gaspar; C. Trinidade; A. Usié; B. Meireles; P. Barbosa; A. Fortes; C. Pesquita; R. Costa; A.M. Ramos |
Article d'investigació |
| CheNER: a tool for the identification of chemical entities and their classes in biomedical literature |
2015 |
Usié A.; Cruz J.; Comas J.; Solsona F.; Alves R. |
Article d'investigació |
| The CHEMDNER corpus of chemicals and drugs and its annotation principles |
2015 |
Krallinger M, Rabal O, Leitner F, Vazquez M, Salgado D, Lu Z, Leaman R, Lu Y, Ji D, Lowe DM, Sayle RA, Batista-Navarro RT, Rak R, Huber T, Rocktäschel T, Matos S, Campos D, Tang B, Xu H, Munkhdalai T, |
Article d'investigació |
| CheNER: Chemical Named Entity Recognizer |
2014 |
Usie, A.; Alves, R.; Solsona, F.; Vazquez, M.; Valencia, A. |
Article d'investigació |
| Database Constraints Applied to Metabolic Pathway Reconstruction Tools |
2014 |
Jordi Vilaplana; Francesc Solsona; Ivan Teixido; Anabel Usié; Hiren Karathia; Rui Alves; Jordi Mateo |
Article d'investigació |
| Biblio-MetReS for user-friendly mining of genes and biological processes in scientific documents |
2014 |
Usie A, Karathia H, Teixidó I, Alves R, Solsona F. |
Article d'investigació |
| Biblio-MetReS: A bibliometric network reconstruction application and server |
2011 |
Usie A.; Karathia H.; Teixido I.; Valls J.; Faus X.; Alves R.; Solsona F. |
Article d'investigació |
| Methods for and results from the study of design principles in molecular systems |
2011 |
Salvado B.; Karathia H.; Chimenos AU.; Vilaprinyo E.; Omholt S.; Sorribas A.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Modelo de asignación de tareas en entornos multicluster heterogéneos y no dedicados |
2009 |
Blanco, H.; Lérida, JL; Guirado, F; Usié, AI. |
Capítol de llibre d'investigació |
